Japonia 47 prefekturatan antolatuta dago, iparraldeko Hokkaidotik hegoaldeko Okinawaraino doazen zortzi eskualde tradizionaletan bilduta, Ozeano Barean 3.000 uharte baino gehiago dituen artxipelago bolkanikoa osatuz. Tokio prefektura metropolitarrik populatuena da, 14 milioi biztanle baino gehiagorekin, eta munduko metropoli-eremurik handiena du, 37 milioi biztanle baino gehiagorekin; herrialdea oso sismikoa da, eta arrisku-mapek likuefakzio, tsunami eta tifoi eremuak identifikatzen dituzte, bereziki Kyushun eta Okinawan. Zortzi eskualdeak Hokkaido, Tohoku, Kanto, Chubu, Kinki, Chugoku, Shikoku eta Kyushu-Okinawa dira, bakoitza ezaugarri geografiko eta ekonomiko bereiziekin. Risk honetan, Honshu iparraldea eta hegoaldea lotzen dituen uharte nagusia da, eta biztanleriaren eta industriaren zatirik handiena biltzen du; Hokkaido iparraldeko hegala da, Errusiarako sarbidearekin; Kyushu eta Okinawa Korearako, Txinarako eta hegoaldeko Pazifikorako ateak dira; eta Setoko Barne Itsasoa Japoniako Itsasoa Ozeano Barearekin lotzen duen itsasbide ezinbestekoa da. Tokio-Osaka-Nagoya korridorea kontrolatzeak herrialdeko ardatz ekonomikoa ematen du, eta Tsushima eta Tsugaru itsasarteak menderatzen dituenak itsas sarbide nagusiak kontrolatzen ditu.